Os membros do CICS.NOVA estão organizados em Grupos de Investigação, os quais são liderados pelos respetivos Coordenadores. Os Grupos de Investigação são unidades funcionais de Investigadores que desenvolvem a sua atividade centrada em problemáticas e abordagens metodológicas referentes a temáticas comuns. Cada membro está vinculado apenas a um Grupo de Investigação.
Os Grupos de Investigação podem organizar-se por Equipas de Investigação, as quais correspondem a temáticas de investigação consideradas estratégicas para os objetivos do CICS.NOVA. As Equipas têm um carácter dinâmico, ou seja, podem ser alteradas ao longo do tempo.
Existem seis grupos de investigação que correspondem aos eixos da atividade científica do CICS.NOVA:
